三星堆遗址所面临的最为严重的一个问题就是文物盗窃，三星堆遗址在上世纪80年代开始挖掘的过程当中，曾经多次发生过文物被盗的事件，有很多珍贵的玉器、陶器、青铜器等文物被盗，这些被盗的文物价值非常的高。三星堆遗址所在的地区位置比较偏远，交通不是很便利，治安状况也不好，文物被盗的现象非常突出。中国政府为了更好地保护三星堆遗址当中的文物，采取了多项措施，比如安装监控设备，增加保卫力量，加强巡逻检查等。但这些措施并没有完全的将文物被盗的问题解决。为了更好地避免文物盗窃现象的出现，暂停对三星堆的挖掘。
中国政府近年来对于文物保护工作的重视，人们对文物保护的意识也越来越高。考古学家们所要做的不仅是将那些已经挖掘出来的文物进行更好的保护，还要尽量不能对那些没有挖掘出来的文物进行伤害。考古学家们担心挖掘工作会给遗址当中的文物造成损伤或损失，不敢轻易的动手进行挖掘。
先进的技术手段对于考古工作来说很重要，技术手段如果不够，先进的话在挖掘的过程中，很可能会造成文物的损害，对于文物保护工作来说是危险的。技术手段不足在三星堆遗址挖掘工作中是很大的一个问题。现在的考古技术虽然已经先进了，但是针对三星堆这样的历史比较悠久的遗址来说，这样的技术手段还远远不够，考古学家们因此不敢轻易的进行三星堆遗址的挖掘。
社会环境因素也是三星堆遗址，不敢继续再挖掘的原因之一，三星堆遗址在历史文化方面有着非常高的地位，吸引了世界各地的游客和考古学家来研究和参观。但是三星堆所在的地区，随着社会的不断发展和人口的不断增加，已经发生了很大的变化。周围的环境变化很大，城市的不断扩张建设为三星堆遗址的保护带来了更大的困难，城市污染和噪音对于遗址周围的环境会产生很大的影响。道路和建筑物的建设也会影响遗址。
旅游业的发展也给文物保护带来了很大的挑战，大量游客会对遗址周围的环境产生很大的影响，也将遗址被盗的风险增加了。针对三星堆遗址的保护工作需要平衡开放和保护之间的关系，制定合理的保护措施和旅游规划。
