对东太后慈安死因之谜的具体原因至今还存在着争议，除中毒之说外，还有自杀、自然死亡等说。“自杀”说来自《清稗类钞》，书中说：“或曰：孝钦实证以贿卖嘱托，干预朝政，语颇激。孝贞不能容，又以木讷不能与之辩。大恚，吞鼻烟壶自尽。”《清朝野史大观》里又用“或曰慈禧命太医以不对症之药致死亡”来说明慈安为用“错药致死”。
不管是“毒死一说”还是“自杀”或“错药致死”说，都有一个共同点，即慈禧害死了慈安。不过也有学者认为慈安为“自然死亡”，徐彻的《慈禧大传》则倾向于“病死”说。首先，作者认为慈安不善理政，例如召见臣子时说的话分量不足，只会询问其身体状况、行程远近等等，所以她根本不会妨碍慈禧在政治上的权力，慈禧也没必要害死她。
徐彻提出了《翁同日记》中的关于慈安发病的两则记载作为证据。一则是慈安太后26岁时曾经患了“有类肝厥”疾病长达24天，甚至达到“不能言语”之程度。另一则是同治八年(公元1869年)十二月初四日，慈安太后“旧疾发作，厥逆半时许”。“厥症”主要表现为突然昏迷、不省人事、四肢厥冷，轻者昏厥时间较短，重者则会一厥不醒甚至死亡。
但这也只是徐彻的一家之言，至于东太后慈安死因之谜的真正原因，只能是作为清宫的疑案成为了人们茶余饭后的话题。