菩提祖师在西游记之中是比较神秘的一个人物，就连他的住所都是无人所知的，尤其是他的本领也是无人知晓，修炼的功法更是非常的神秘。
最厉害的不是筋斗云也不是72变，反而是全方面发展，菩提祖师无法去找出最厉害的功法，有人都觉得就是筋斗云，毕竟非常的快，一个跟头就能飞十万八千里，普通的妖怪是无法跟上的，但实际上并非是最厉害的本领，只不过是一个逃跑的本领。

金翅大鹏雕就能够飞得比筋斗云还要快，因此也就证明了并非是菩提祖师最厉害的本领，也有人说是72变，毕竟孙悟空使用72变之后是无人能够知道的，但72变有这缺陷就例如孙悟空，当年他是猴子在变身的时候，菩提祖师就曾说过，是没有腮的，因此也存在一定的缺陷。

尤其是72变本身就不是近身搏斗，而是隐藏的本领，也不是最厉害的本领，都被否决掉了，菩提祖师懂的法术特别的多，也会许多的法术会讲到会讲禅法而且是三家合一，在原著之中就曾有过一段是描写菩提祖师的话语。
说是天花乱坠地涌金莲，有着三成教法，非常的微妙，从这里就能知道菩提祖师，精通三教的本领，又知晓百家的理论知识，是一个全面发展的神仙，因此也很难以抉择出来菩提祖师最厉害的法术是什么。

如果说真的是非要去抉择出来一个，那就是懂得低调，菩提祖师十分懂得该如何不得罪人，在三界之中也无人得知菩提祖师的名号，赶孙悟空出师门的时候也曾告诉过孙悟空不要去说出自己的名字，其实这也是保全自己的一种方式。