如来为降服孙悟空也是付出了很多的代价的，这一点他自己都曾承认过，在当年孙悟空成为斗战胜佛之后，就以如来交涉，当时就分析了祭赛国大闹天宫的时候，法力十分的深厚，随后才把孙悟空给压在了五行山下。
如来说了甚深的法例，其实什么都没有说，但是在西游其他的书中就曾记载过，如来舍弃了一只手之后才总算是降服了孙悟空，也能看得出来，失去了一只手，阻止了孙悟空大闹天宫，如来也算是豁出了一条命。
唐僧虽然在继续取经，可实际最后见的并不是如来，而是燃灯古佛，就能看得出来，如来已经付出了自己的生命。
在西游记之中的下场是有所不同的当时只是说出来付出了不少的仙法，把孙悟空给压在了五行山下，是比较轻松的，可实际除了高深的法术之外，如来还是失去了一些比较重要的东西，当年玉帝就传旨到灵山，如来佛祖正在上课，却不能违背旨意。
当时就跟下面菩萨说不要乱动，一会自己重新会回来，从这句话也能看得出来，这节课并不是普通的内容，为了玉帝，如来只能放下自己的事业。
后来到达天庭之后并没有给孙悟空硬碰硬，观察之后与孙悟空打赌，如果孙悟空赢了之后，他就带着玉帝去灵山居住，如果输了之后孙悟空就要回到凡间继续修炼孙悟空，孙悟空觉得如来是为自己着想，也就上了当，但最后却是被压在五指山下。
如来已在这个过程中表了自己的忠心，但也失去了自主权。