塞肯内拉统治时期的埃及政局不稳定，他所在的南朝埃及经常被希克索斯人进攻，所以他向希克索斯人发起了进攻。正是因为塞肯内拉发起的战争，之后的法老才不断对北朝进行攻击，最后终于消灭了北朝，从而统一了整个埃及。
之前人们都在猜测塞肯内拉法老究竟是如何死亡的，曾经很多人认为他的死亡源于宫廷的政变，他极有可能是被谋杀的。考古学家在现代医学的帮助下，对塞克内拉法老的木乃伊进行了扫描。发现他的头颅上有多处伤痕，可以看出使用的是不同的武器。
法老的死亡猜想
考古学家猜测这些不同的伤痕，极有可能是因为他在战争中被希克索斯人抓获，他们将塞肯内拉法老秘密地进行了处决，认为这是造成法老头颅伤痕的真正原因。不过也有一些考古学家认为，塞肯内拉法老死于谋杀的可能性也很大。
考古学家深入分析了塞肯内拉法老木乃伊上的伤痕，认为他生前应该遭受了极为暴力的袭击方式，这些伤口是由不同的武器造成的，而这些武器属于希克索斯人。考古学家认为塞肯内拉法老被希克索斯人秘密处决的可能性是很大的，虽然看起来他头部的防腐手段很简单，但是进一步研究后发现，头部防腐使用了一种新的材料，也只有正规的木乃伊制作地点才能完成。