石窟的内部结构很有意思。走进去，就感觉走进一个地下大院。窟里有甬道，有大小不一的房间隔断，而且还分成了几个楼层。另外，我们还在石窟里发现了水井、蓄水池之类的设施，感觉就像我们现代的防空洞—功能齐全、设施完备。洞窟的石壁上留下了各种痕迹，有的像我们现在泥瓦匠用的砖瓦刀，有的像变幻了的尖喙鸟，还有的就是一条规整的长弧线……这些图案，显然是自然力无法创造出来的。

在花山石窟群发现之前，浙江省的龙游(古称“姑蔑”)就已经发现了一组拥有24个洞窟的石窟群。而在花山石窟群发现并进行开发的同时，几里外的烟村又发现了24个石窟。同时，它们都隐秘地分布于新安江流域内的山体中。

花山石窟群在新安江的南岸，而龙游石窟群则在衢江的北岸，仅是一江之隔的龙游石窟也一样成谜，甚至有龙门石窟骗局的说法，花山石窟和龙游石窟同属新安江水系—地处皖、浙两省两地的三处石窟群，从地理位置上看如此靠近。它们之间有什么关联吗?也许，这两处石窟群正可以作为辨明安徽花山谜窟真相的有力证据。